合同当事人协议约定管辖的，当事人另一方申请支付令时，适用约定管辖的规定，向约定的法院申请。《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条协议管辖合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。第二百一十四条申请支付令条件债权人请求债务人给付金钱、有价证券，符合下列条件的，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：
（一）债权人与债务人没有其他债务纠纷的；
（二）支付令能够送达债务人的。申请书应当写明请求给付金钱或者有价证券的数量和所根据的事实、证据。
二、协议管辖的条件
1、协议管辖只适用于合同纠纷，当事人对合同以外的其他民事、经济纠纷不得协议管辖。
2、协议管辖仅适用于合同纠纷中的第一审案件，对案件当事人不得以协议方式选择管辖法院。
3、协议管辖是要式行为，必须采用书面形式。
当事人可以在订立合同时约定协议管辖，将协议管辖作为合同的内容之一，也可以在合同订立后，诉讼发生前以书面形式约定协议管辖。
如果在合同中约定协议管辖的条款应被视为具有独立性的条款，即使合同被确认为无效，协议管辖条款的效力亦不受影响。
4、当事人必须在法律规定的范围内进行选择。
法律规定的可供当事人选择的法院是原告住所地、被告住所地、合同签订地、合同履行地、标的物所在地的法院，这五个地点与合同具有较紧密的联系。
5、当事人必须做确定的、单一的选择。
当事人须在协议中对管辖法院作出明确的约定，不明确则管辖无法依协议而确定。
当事人在选择时只能选择上述五个法院中的一个，不得选择两个或两个以上，选择多数法院同样无法依据协议确定管辖法院。
6、当事人选择法院时，不得违反和的规定。
当事人在协议时只能变更第一审的，不得变更级别管辖，不得将依法由基层法院管辖的诉讼约定由中级法院乃至高级法院管辖，否则会造成审级关系的混乱。
专属管辖是强制性管辖，因此不允许当事人通过协议改变专属管辖。
通过上述分析知道，依据《民事诉讼法》的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择管辖法院，所以因合同纠纷申请支付令的，当事人要向约定管辖的法院申请。
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