初级工程师如果负有保密义务的，签订的保密协议对初级工程师具有法律效力。《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条【保密义务和竞业限制】用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。第二十四条【竞业限制的范围和期限】竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。
二、侵犯商业秘密行为的表现
1、以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密；
2、披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密；
3、根据法律和合同，有义务保守商业秘密的人(包括与权利人有业务关系的单位、个人，在权利人单位就职的职工)披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密。
第三人明知或应知前款所列违法行为，获取、使用或者披露他人的商业秘密，视为侵犯商业秘密。
在实践中，第三人的行为可能与侵权人构成共同侵权。
法律依据：
《中华人民共和国反不正当竞争法》的规定，经营者不得采用下列手段侵犯商业秘密：
1、以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密；
2、披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密；
3、违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密。
通过上述分析知道，依据《劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项，所以初级工程师负有保密责任的，保密协议对其有效。
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