申请令要向基层人民法院申请，如果当事人在合同中有约定管辖法院的，债权人可以向约定的基层法院申请支付令。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十九条民事诉讼法第三十四条规定的书面协议，包括书面合同中的协议管辖条款或者诉讼前以书面形式达成的选择管辖的协议。第四百二十七条两个以上人民法院都有管辖权的，债权人可以向其中一个基层人民法院申请支付令。债权人向两个以上有管辖权的基层人民法院申请支付令的，由最先立案的人民法院管辖。第四百二十九条债权人申请支付令，符合下列条件的，基层人民法院应当受理，并在收到支付令申请书后五日内通知债权人：
（一）请求给付金钱或者汇票、本票、支票、股票、债券、国库券、可转让的存款单等有价证券；
（二）请求给付的金钱或者有价证券已到期且数额确定，并写明了请求所根据的事实、证据；
（三）债权人没有对待给付义务；
（四）债务人在我国境内且未下落不明；
（五）支付令能够送达债务人；
（六）收到申请书的人民法院有管辖权；
（七）债权人未向人民法院申请诉前保全。不符合前款规定的，人民法院应当在收到支付令申请书后五日内通知债权人不予受理。基层人民法院受理申请支付令案件，不受债权金额的限制。
二、约定管辖的条件
（一）当事人协议管辖的案件，包括合同或者其他财产权益纠纷。
（二）当事人协议选择管辖法院的范围，包括可以选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。
如果当事人选择了与合同没有实际联系地点的人民法院，该协议无效。
合同签订地是指合同双方在书面合同上签字和盖章的地点。
（三）必须以书面协议选择管辖，包括书面协议可以采取合同书的形式，包括书面合同中的协议管辖条款，也可以采取信件和数据电文(包括电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件)等可以有形地表现当事人双方协议选择管辖法院意思表示的形式。
或者是诉讼前双方当事人达成的管辖协议，口头协议无效。
通过上述分析知道，依据《民事诉讼法司法解释》的规定，债权人和债务人如果在合同中约定管辖权的，债权人申请支付令时，要向约定管辖的基层人民法院申请支付令。
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