对国有土地上的自建房确权的，当事人可以向人民政府申请确权，也可以向人民法院提起诉讼确权。《中华人民共和国土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；
协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；
个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。《中华人民共和国民法典》第二百三十三条【物权纠纷解决方式】物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。第二百三十四条【物权确认请求权】因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。
二、农村房屋确权需要的证件有哪些
1、宅基地登记申请书；
2、农村房屋所有人的身份证明材料(户口簿和申请人个人身份证等)，委托代理申请的还应提供授权委托书和代理人身份证明；
3、宅基地的相关证明材料，比如村民申请宅基地报批表、农村居民宅基地审批表、村镇建设规划许可证等；
4、农村村民地籍调查表、宗地图及宗地界址坐标；
5、房屋权属证明材料(房屋所有权证，未取得房屋所有权证的提供村关于宅基地上房屋所有权的证明)。
通过上述分析知道，依据《民法典》的规定，出现房屋产权纠纷时，利害关系人可以申请房屋确权。
而利害关系人可以向人民政府申请房屋确权。
也可以向人民法院提起诉讼，请求人民法院确权。
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