祖传宅基地被侵占的，宅基地利害关系人可以申请宅基地确权，维护自己的权益。《中华人民共和国民法典》第二百三十三条【物权纠纷解决方式】物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。第二百三十四条【物权确认请求权】因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。
二、宅基地纠纷确权可以通过什么方式
1、由宅基地的使用权人，也就是现在在使用宅基地的人，领取由当地的土地管理部门印发的《农村宅基地使用权申报登记表》，这个是一家的一个宅基地只能填写一份，这就意味着，如果有两个以上宅基地的农民只能确权一处宅基地。
2、村民使用的宅基地还要当地村委会或者镇政府出具土地来源的证明，比如宅基地的审批手续，房屋的规划许可证等手续。
3、当地的国土部门根据农民的申请，对农民自有的宅基地范围、界线、权属性质、用途等情况进行实地调查、记录并经相邻各方认定，填写宅基地地籍调查表，绘制宗地草图，为地籍测量作准备。
村里最近常见的测量队，他们主要负责对农民的宅基地界定位置。
4、测量过程中，还要组织这块地的相邻地块的农民一起去现场指认各自界限，并且在双方都认可的界限、界址点共同签名盖章。
5、测量完毕，经土地主管部门审核，认为界限清楚没有争议的进行公告。
并写明如谁对这块宅基地有异议的要在多久提出。
6、经过公告，而且没有人提出异议的宅基地，在公告期满后，由当地县政府签发农村宅基地使用权证。
至此，农民才算是拿到了宅基地使用权证，这块宅基地才能算是农民所有的。
通过上述分析知道，依据《民法典》的规定，因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。
所以祖传宅基地被侵占的，宅基地利害关系人可以申请宅基地确权，确认宅基地的归属。
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