合同合并后，被合并的公司注销的，公司在注销前要处理合同问题，一般情况下合同有效，由合并后的企业履行。《中华人民共和国公司法》第一百七十三条【公司合并的程序】公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。第一百七十四条【公司合并债权债务的承继】公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
(1)合并公司股东会分别作出合并决议。
(2)编制资产负债表及财产清单。
(3)合并各方签订合并协议。
(4)自作出决议之日起10日内通知债权人。
(5)自作出决议之日起30日内在报纸上至少公告3次。
(6)合并各方或者一方为股份有限公司的，报国务院授权部门或省级人民政府批准。
(7)调账、报表合并等会计处理。
(8)合并报表后实收资本的验证。
(9)自作出决议之日起90日以后向登记机关申请登记。
吸收合并被吸收公司申请注销登记，存续公司申请变更登记。
新设合并设立公司申请开业登记，合并公司申请注销登记。
(10)存续或新设的公司在核准变更登记之日起30日内通知因合并而注销的公司债权人和债务人。
通过上述分析知道，依据《公司法》的规定，司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
所以一般情况下，公司因合并注销的，合同继续有效，由合并后的公司履行。
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