对农村房屋确权有争议的，由当事人协商解决；
协商不成的，由人民政府处理。对处理结果有异议的。可以向法院起诉。《中华人民共和国土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；
协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；
个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
二、农村房屋确权登记的流程是怎样的
加强农村集体土地确权登记工作，有助于农村集体土地的合理优化及分配，进而为农民增收增益奠定夯实的基础。
1、申报凡是拥有宅基地的土地使用权人，须领取由土地部门统一印发的《农村宅基地使用权申报登记表》，以户为单元，每宗宅基地填写一份。
村民使用的宅基地，必须提交由经济社、村委会二级经济组织及镇政府出具的土地权属来源证明。
然后由调查组负责收集申报材料上交土地管理部门对权属进行审核。
2、权属调查国土部门根据土地使用权人的申请，对宅基地范围、界线、界址、权属性质、用途等情况进行实地调查、记录并经相邻各方认定，填写宅基地地籍调查表，绘制宗地草图，为地籍测量作准备。
在宅基地调查过程中，本宗地使用者和相邻地使用者应按通知规定时间内到场共同指界，对双方共同确认的用地界线和界址点进行签名、盖章，如不能参加指界的，应书面委托代理人出面指界。
3、审核与公告经土地行政主管部门审核，对认为符合登记要求的宗地进行公告，公告内容主要包括土地使用者的名称、地址、准予登记的土地权属性质、面积、坐落、四至范围等。
4、审批公告期满，土地权利者及其他土地权益有关者对土地登记审核结果未提出异议的，在农村宅基地使用权登记审批表上签署同意登记发证的意见，由市(县)人民政府领导签章，并加盖市(县)人民政府土地登记专用章。
5、登记注册根据农村宅基地登记审批表结果，以宗地(宅基地)为单位逐项填写土地(宅基地)登记卡、土地(宅基地)归户卡及土地证书，并由登记人员和土地行政主管部门主管领导分别在两卡上签字。
依据《土地管理法》的规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；
协商不成的，由人民政府处理。
参考该规定，农村房屋确权有争议的，可以通过协议、请求人民政府处理等方式解决。
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