房屋拆迁补偿协议应该由房屋征收部门与房屋所有人签订才是合法的。《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。第二十五条房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。
二、对拆迁补偿不满意，该怎么办
实际中，对拆迁补偿不满意的要按照以下处理：
首先，先不要签订任何拆迁安置协议。
因为拆迁安置协议属于合同，一旦基于自主的意思签订之后，意味着双方都要受契约的限制，即使事后反悔，到时候可能还得承担违约责任，最终将导致得不偿失的后果。
所以，既然对拆迁不满意，那么建议现在最好不要签订任何拆迁安置协议。
其次，提起行政裁决或行政复议，重新制定拆迁补偿方案。
实践中，如果对政府提出的拆迁补偿不满意，那么可以及时提起行政裁决或行政复议，一般地，要在拆迁补偿作出之日起60日内提出(法律另有规定的除外)。
并且，在申请行政复议时可以提出重新制定拆迁补偿方案，还可以从中提出自己的主张。
最后，可以至法院提起行政诉讼。
一般来说，如果是跟开发商因拆迁补偿起纠纷的，那么便可以通过诉讼的方式解决赔偿纠纷。
不过，即使是跟政府部门起的纠纷，也可以通过起诉处理。
依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定，房屋拆迁补偿是给予房屋所有人的，所以房屋拆迁补偿协议应该由房屋征收部门与房屋所有权人签订才是合法的，其他人签订的补偿协议无效。
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