公司在清算期间被起诉的，在案件结束前，不能注销公司，公司清算结束，并且报有人民法院确认后，可以向公司登记机关申请注销。《中华人民共和国公司法》第一百八十六条【清算程序】清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。第一百八十八条【公司注销】公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
二、公司清算怎么成立清算组
1、什么情况下可以成立清算组进行清算公司应当依照公司法第一百八十三条的规定，在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始自行清算。
有下列情形之一，债权人申请人民法院指定清算组进行清算的，人民法院应予受理：
(1)公司解散逾期不成立清算组进行清算的；
(2)虽然成立清算组但故意拖延清算的；
(3)违法清算可能严重损害债权人或者股东利益的。
具有本条第二款所列情形，而债权人未提起清算申请，公司股东申请人民法院指定清算组对公司进行清算的，人民法院应予受理。
2、清算组的组成人民法院受理公司清算案件，应当及时指定有关人员组成清算组。
清算组成员可以从下列人员或者机构中产生：
(1)公司股东、董事、监事、高级管理人员；
(2)依法设立的律师事务所、会计师事务所、破产清算事务所等社会中介机构；
(3)依法设立的律师事务所、会计师事务所、破产清算事务所等社会中介机构中具备相关专业知识并取得执业资格的人员。
通过小编的分析可以知道，依据《公司法》的规定，公司注销期间被起诉的，公司需要参加诉讼，案件审判结案后，并且公司清算结束报人民法院确认的，公司才能申请注销登记。
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