土地管理法实施条例规定，征用土地的各项费用应当自征地补偿、安置方案批准之日起3个月内全额支付。所以分批次支付征地补偿款是不合法的。
二、相关法律规定
《中华人民共和国土地管理法实施条例》第二十五条征用土地方案经依法批准后，由被征用土地所在地的市、县人民政府组织实施，并将批准征地机关、批准文号、征用土地的用途、范围、面积以及征地补偿标准、农业人员安置办法和办理征地补偿的期限等，在被征用土地所在地的乡(镇)、村予以公告。
被征用土地的所有权人、使用权人应当在公告规定的期限内，持土地权属证书到公告指定的人民政府土地行政主管部门办理征地补偿登记。
市、县人民政府土地行政主管部门根据经批准的征用土地方案，会同有关部门拟订征地补偿、安置方案，在被征用土地所在地的乡(镇)、村予以公告，听取被征用土地的农村集体经济组织和农民的意见。
征地补偿。
安置方案报市、县人民政府批准后，由市、县人民政府土地行政主管部门组织实施。
对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调；
协调不成的，由批准征用土地的人民政府裁决。
征地补偿、安置争议不影响征用土地方案的实施。
征用土地的各项费用应当自征地补偿、安置方案批准之日起3个月内全额支付。
第二十六条土地补偿费归农村集体经济组织所有；
地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。
征用土地的安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。
需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体经济组织管理和使用；
由其他单位安置的，安置补助费支付给安置单位；
不需要统一安置的，安置补助费发放给被安置人员个人或者征得被安置人员同意后用于支付被安置人员的保险费用。
市、县和乡(镇)人民政府应当加强对安置补助费使用情况的监督。
通过上述分析可以知道，依据《土地管理法实施条例》的规定，征地补偿款应该自征地补偿、安置方案批准后3个月内一次性全额支付，如果政府分批支付征地补偿款是不合法的。
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