法农村土地承包经营权纠纷申请仲裁超过时效的，法院可以驳回当事人的申请。申请仲裁被驳回的，当事人可以向法院提起诉讼。《中华人民共和国农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》第十八条农村土地承包经营纠纷申请仲裁的时效期间为二年，自当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包经营纠纷调解仲裁案件适用法律若干问题的解释》第一条农村土地承包仲裁委员会根据农村土地承包经营纠纷调解仲裁法第十八条规定，以超过申请仲裁的时效期间为由驳回申请后，当事人就同一纠纷提起诉讼的，人民法院应予受理。
二、农村土地承包经营权流转的方式
1、转包。
转包重要发生在农村集体经济组织内部农户之间。
转包人是享有土地承包经营权的农户，受转包人是承受土地承包经营权转包的农户。
转包人对土地承包经营权的产权不变，受转包人享有土地承包经营权使用的权利，获得承包土地的收益，并向转包人支付转包费。
转包无需发包人许可，但转包合同需向发包人备案。
2、出租。
出租主要是农户将土地承包经营权租赁给本集体经济组织以外的人。
出租人是享有土地承包经营权的农户，承租人是承租土地承包经营权的外村人。
出租是一种外部的民事合同。
承租人通过租赁合同取得土地承包经营权的承租权，并向出租的农户支付租金，农民出租土地承包经营权无需经发包人同意，但出租人需向发包人备案。
3、互换。
互换是农村集体经济组织内部的农户之间，为方便耕种和各自需要，对各自的土地承包经营权的交换。
互换是种互易合同。
互易后，互换的双方均取得对方的土地承包经营权，丧失自己的原土地承包经营权。
双方农户达成互换合同后，还应与发包人变更原土地承包合同。
4、转让。
转让是农户将土地承包经营权转移给他人，转让将使农户对承包土地的使用权。
因此，对转让必须严格条件。
在承包方与稳定的非农收入或其他经济来源的情况下，方可转让土地承包经营权。
转让土地承包经营权的基础是农民有了切实的生活保障，否则不应转让土地承包经营权。
5、入股。
即承包方将承包土地使用权入股，参加农业股份制，农业股份合作制或实行“股田制”，并以入股股份作为分红依据。
主要是有些地方为保护规模经营产业区，在土地延包时才土地承包权确权到户，使用权入股分红的一种流转方式。
通过以上的分析可以知道，出现农村土地承包经营权纠纷后，申请人向法院申请仲裁的，法院可能会驳回当事人申请。
申请仲裁被法院驳回后，当事人可以向法院提起诉讼。
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