实践中，公司以违反公司规章制度为由开除员工时要遵守以下程序：
1、弄清员工违反公司规章制度的事实，比如员工违反劳动纪律，上班期间开小差等，并要为此收集证据。
2、公司主管人员要根据事实，提出开除处理意见。
3、公司方面要召开职工代表大会或者经大会讨论，确定是否开除员工。
4、做出开除决定后，到劳动部门备案开除处分决定。
7、做出《开除通知书》后，需要直接发给员工。
8、转移员工档案。另外，公司既然要以违反规章制度为由解除劳动合同，而规章制度必须满足以下条件：
1、公司规章必须合法合理；
2、公司规章必须经过民主程序制定；
3、公司规章必须经公示或告知劳动者。因此，如果只有公司自己知道的规章制度，那么便不能以员工违反规章制度为由开除，并且公司要承担违法解除劳动合同的法律后果。
二、相关法律规定
《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条【用人单位单方解除劳动合同(过失性辞退)】劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。
通过以上的分析，劳动者有严重违反公司制度行为的，用人单位解除劳动合同时，解除劳动合同的程序包括弄清违反公司制度的事实、提出开除处理意见、召开职工代表大会讨论开除员工、到劳动部门备案开除处分决定等。
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