建设自然保护区需要征收土地时，将村民土地证直接注销不给予经济补偿肯定是不合法的，村民可以委托律师维权。《中华人民共和国自然保护区条例》第二十七条禁止任何人进入自然保护区的核心区。因科学研究的需要，必须进入核心区从事科学研究观测、调查活动的，应当事先向自然保护区管理机构提交申请和活动计划，并经自然保护区管理机构批准；
其中，进入国家级自然保护区核心区的，应当经省、自治区、直辖市人民政府有关自然保护区行政主管部门批准。自然保护区核心区内原有居民确有必要迁出的，由自然保护区所在地的地方人民政府予以妥善安置。
二、建设自然保护区怎样合理使用土地
1、对生态用地的安排给予高度重视，保证生态用地的数量和质量。
在编制和修订土地利用总体规划时，充分考虑生态保护和建设的需要，确定自然生态用地的指标控制量，将保持一定数量的自然生态用地作为土地利用规划编制的一项基本原则。
2、实事求是地确定和保护生态用地。
相关部门密切沟通配合，根据各地自然生态特点和保护的需要，结合生态功能区划分，在土地利用规划中具体明确生态用地的类型、数量、区划位置、相互关联或展布关系，并确定相应的生态影响准入标准和人工生态系统建设规模控制指标，以便于根据实际情况对自然生态系统给予切实有效的保护。
3、确定土地利用方式、利用程度及生态保护标准，合理规划和保护其他用地的生态服务功能。
在对土地进行水、土、热、风等生态环境因子的科学分析和综合论证基础上，确定相应的林、草、种植等利用方式。
需要特别指出的是，在我国北方干旱半干旱区，应当切实加强草原的保护，防止以耕地保护为借口的短期行为对自然生态造成破坏，严格限制耕地数量和耕作方式以保障该区以及邻区的自然生态和社会经济安全。
第四，节约集约用地，支持生态用地。
在有限的土地上，发展规模化、产业化、高技术、高附加值、高度集成、低环境影响的产业体系。
逐步退出生态破坏危险地带的人类活动，退还自然生态用地，使各类生态功能区以及各种自然生态系统用地的份额得到有效的保障并逐步稳定增长，促进区域及全球自然生态系统的恢复、扩展和优化。
第五，合理利用生态用地，发展生态产业。
在生态用地范围内开展环境影响小或零环境影响的科学研究、教育，或者生态旅游观光娱乐业。
当自然生态恢复到一定程度时，还可以发展狩猎、轻度采集和放牧等其他自然生态保护型产业。
依据《自然保护区条例》的规定，建设自然保护区确实需要征收土地的，需要给予相应经济补偿。
所以建设自然保护区需要征收土地时，将村民土地证直接注销不给予经济补偿肯定是不合法的。
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