申请房屋确权的，由权利关系人向不动产登记部门申请，提供相关材料进行审查。《中华人民共和国民法典》第二百零九条【不动产物权登记的效力】不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；
未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。第二百三十三条【物权纠纷解决方式】物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。第二百三十四条【物权确认请求权】因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。
二、农村房屋确权的办理流程
1、农村房屋所有人向村委会提出申请，并按照规定递交土地使用权证书、规划许可证，交由村委会进行审核；
2、村干部及其他村委会成员根据农民的申请情况进行核查，属实的签字盖章并递交给乡政府；
3、乡镇部门会安排相关工作人员去实地查看，看看农民的房子是不是符合相关的规定，宅基地的大小是不是在规定范围内，审核无误的情况下签字，交给县规划局；
4、县规划局会审核农村房屋所使用的宅基地是不是符合乡镇发展要求，符合要求的审核通过；
5、当事人拿着相关审核政府，去当地的房管局办理不动产登记，即农村房屋产权证，并缴纳相应的费用。
按照规定申请房屋确权的话应该由权利关系人向不动产登记部门提交申请，并且提交相关的证件材料，如果有什么不明白的话也可以咨询当地的登记部门。
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