借款合同两万元违约金一万元是合法的，但前提是双方当事人在签订合同之前就约定好了的。
根据实施的《民法典》第五百八十五条规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;
约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
法律依据:
《民法典》第五百八十五条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;
约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
二、对方不支付违约金怎么办?
违约方拒付违约金的，主要有以下几种索偿方法:
违约方拒付违约金的，可以先协商解决;
协商不成，可以通过至法院诉讼的方式进行维权索偿。
(一)协商解决:
解决纠纷，能够协商解决当然最好，我们建议都尽量和气地，尽可能拿对方的利益来互相牵制，以达到和解的效果。
(二)起诉:
这是要着重介绍的一种索偿方法，因为法院受理之后的审判决定，具有法律强制力!起诉首先要弄懂可以去哪个法院起诉。
合同纠纷，确定起诉法院的几个方法:
1、合同有约定管辖法院的，以合同约定的为准。
2、合同没有约定管辖法院，或者约定不明的，在被告住所地或合同履行地法院起诉。
其中:
(1)争议标的为给付货币的，接收货币一方所在地为合同履行地;
(2)交付不动产的，不动产所在地为合同履行地;
(3)其他标的，履行义务一方所在地为合同履行地。
双方当事人在进行签订合同的时候可以约定违约金的金额是多少，或者是约定违约金的计算方式是什么，一旦产生纠纷一方有违约行为的时候，那么另外一方就可以要求违约的一方支付违约金。
可以按照合同约定的内容来支付。
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