公司之间合同纠纷是属于民事纠纷，一方当事人向人民法院主张权利时，受诉讼时效的限制。《中华人民共和国民法典》第一百八十八条【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
二、合同纠纷最有效的处理方法是什么
1、协商解决合同双方当事人如果在履行合同过程中出现了纠纷，首先应按平等互利、协商一致的原则加以解决。
既不应采取消极拖延的办法，也不应采取扣发货物或拒付货款的办法自行行使法律处分权，因为这两种做法都无助于问题的解决。
合同纠纷律师按照法律规定，应该首先通过协商解决纠纷。
协商解决纠纷，双方是建立在互谅互让、平等磋商的基础之上，不影响团结以及今后的继续合作，还可以节省时间、人力物力。
2、调解合同纠纷的调解，是指双方当事人自愿在第三者的主持下，在查明事实、分清是非的基础上，由第三者对纠纷双方当事人进行说明劝导，促使他们互谅互让，达成和解协议，从而解决纠纷的活动。
3、仲裁解决仲裁是指合同双方当事人发生争执，协商不成时，根据有关规定或者当事人之间的协议，通过仲裁的方式解决。
用仲裁的方法解决合同纠纷是常用的一种方式。
当事人采用仲裁的方式解决合同纠纷，法宝在线的合同纠纷律师认为应注意以下问题：
(1)仲裁期限。
(2)仲裁机关及管辖。
(3)仲裁效力。
4、诉讼解决当合同在履行过程中发生纠纷，当事人双方在无特殊约定的情况直接通过向法院提起诉讼的方式解决，诉讼解决纠纷时合同纠纷比较常见和有效的方法。
依据《民法典》的规定，通过诉讼的方式解决公司合同纠纷的，适用诉讼时效的限制，诉讼时效一般是3年，从当事人知道权利被侵犯时开始计算。
超过诉讼时效起诉时，义务人有抗辩权。
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