在集体土地上建的房屋存在争议时，由当事人协商解决；
协商不成的，由人民政府处理，对处理不服可以向法院起诉。而处理结束后可以依据处理结果确权。《中华人民共和国土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；
协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；
个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
二、农村宅基地纠纷处理办法有哪些
1、农户之间发生宅基地权属争议，当事人双方应尊重历史，相互谦让，协商解决问题。
双方协商成功，最好签订协议。
双方达成的协议，不得违反有关法律、法规，不得损害国家、集体的利益和其他村民的合法权益；
2、协商不成的，当事人任何一方或双方可到当地乡(镇)政府或土地管理所等受理机关提出处理申请。
申请处理时，应以书面形式写明：
申请人、对方当事人的名称、地址；
申请处理的事项、具体要求和理由，并附争议地块示意图；
有关证据及其来源，证人的姓名、工作单位或地址。
受理机关接到处理申请后，应在15日内决定是否受理。
决定受理的，应当在10日内将申请书副本发送对方当事人。
对方当事人应在接到申请书副本之日起30日内提交答辩文书和有关证据；
逾期不提交答辩文书的，不影响作出处理决定。
受理机关决定不受理的，应当在决定后10日内书面通知申请人，并说明理由。
3、如果乡镇不受理，当事人双方可直接向县政府或国土局申请，若符合受理条件，可指定受理或直接受理。
受理机关对受理的宅基地权属争议，可先行调解；
调解无效的，应当作出处理决定。
4、当事人对处理决定不服的，可在收到处理决定通知之日起15日内向上一级处理机关申请复议，也可以在接到处理决定后30日内，直接向人民法院起诉。
通过上述分析可以知道，依据《土地管理法》的规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；
协商不成的，由人民政府处理。
通过法律途径处理完后，依据处理结果办理确权登记。
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