处理公司股东投资超过实收资本金部分可以转做留存收益入账，即留存收益=资本公积-资本溢价，还要去工商局申请公司增资，办理相应的手续。公司的股东资本金投入大于实收资本，可以作两种处理，一是在没有任何约定的情况下，超出部分作为股东对公司的债权，二是股东溢价出资，超出部分作为资本公积。《中华人民共和国公司法》第一百六十七条【股份有限公司资本公积金】股份有限公司以超过股票票面金额的发行价格发行股份所得的溢价款以及国务院财政部门规定列入资本公积金的其他收入，应当列为公司资本公积金。第一百六十八条【公积金的用途】公司的公积金用于弥补公司的亏损、扩大公司生产经营或者转为增加公司资本。但是，资本公积金不得用于弥补公司的亏损。法定公积金转为资本时，所留存的该项公积金不得少于转增前公司注册资本的百分之二十五。
二、注册资金是什么
“注册资金”指集体所有制(股份合作)企业的股东实际缴付的出资数额；
全民所有制、集体所有制企业法人经营管理的财产或者全部财产的货币表现，是国家授予企业法人经营管理的财产或者自有财产的数额体现。
注册资金是企业实有资产的总和；
注册资金依据实有资金的增减而增减，即当企业实缴资金比注册资金增加或减少20%以上时，要进行变更登记。
注册资金就是企业全部财产的货币表现，是企业从事生产经营活动的物质基础，是登记主管机关核定经营范围和方式的主要依据。
从上文当中我们可以看出，公司的股东资本金投入大于实收资本，可以作两种处理，
一是在没有任何约定的情况下，超出部分作为股东对公司的债权，二是股东溢价出资，超出部分作为资本公积。
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