房屋登记机构不能以行政处罚的形式撤销房产证。如果房产证是通过虚假、欺骗手段取得的，由房屋登记机构收缴房产证。并且由公安机关给予相应处罚。《不动产登记暂行条例实施细则》第一百零四条当事人违反本实施细则规定，有下列行为之一，构成违反治安管理行为的，依法给予治安管理处罚；
给他人造成损失的，依法承担赔偿责任；
构成犯罪的，依法追究刑事责任：
（一）采用提供虚假材料等欺骗手段申请登记；
（二）采用欺骗手段申请查询、复制登记资料；
（三）违反国家规定，泄露不动产登记资料、登记信息；
（四）查询人遗失、拆散、调换、抽取、污损登记资料的；
（五）擅自将不动产登记资料带离查询场所、损坏查询设备的。《不动产登记暂行条例》第三十一条伪造、变造不动产权属证书、不动产登记证明，或者买卖、使用伪造、变造的不动产权属证书、不动产登记证明的，由不动产登记机构或者公安机关依法予以收缴；
有违法所得的，没收违法所得；
给他人造成损害的，依法承担赔偿责任；
构成违反治安管理行为的，依法给予治安管理处罚；
构成犯罪的，依法追究刑事责任。
二、房屋产权证注销流程
1、权利人或利害关系人书面申请；
2、登记机构通知簿载权利人提出申辩意见(需将撤销登记申请书副本及相关材料复印件随通知一并寄送)；
3、收到簿载权利人的书面申辩材料,登记机构可以通知申请人,让其对申辩意见发表意见；
也可经审查,直接作出撤销登记决定,制作撤销登记决定书；
4、登记机构向双方送达撤销登记决定,并通知簿载权利人于一定期限内交回产权证；
5、簿载权利人不交回,登记机构登报公告权证作废。
通过上述分析可以知道，房屋登记机构不能以行政处罚的形式撤销房产证。
如果房产证是非法取得的，由房屋登记机构或者公安机关收缴，并且对违法人员给予相应的处罚。
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