民法典规定，违章建筑买卖合同如何处理，要依据具体情况而定，如果买受人知道房屋是违法建筑而自愿购买的，可以认定房屋买卖合同有效。如果是基于欺诈而签订的，买受人可以申请撤销合同。《中华人民共和国民法典》第一百四十八条【以欺诈手段实施的民事法律行为的效力】一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。第一百五十七条【民事法律行为无效、被撤销或确定不发生效力的法律后果】民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；
不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；
各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。第二百一十五条【合同效力与物权变动区分】当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者当事人另有约定外，自合同成立时生效；
未办理物权登记的，不影响合同效力。
二、对违法建筑怎处罚
(1)违法占用集体土地或农用地进行建设，处理：
由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；
对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；
构成犯罪的，依法追究刑事责任。
(2)未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门或乡镇人民政府责令停止建设；
限期拆除或者予以没收；
罚款。
(3)对历史和原因形成的违建处理：
因为历史原因和社会原因，居民房屋存在大量未办理土地使用手续或规划手续情况，这种情况下不宜按照违章建筑处理，特别是在房屋征收和土地征收中这类矛盾尤为凸出，根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的精神和原则，应当组织规划、土地、执法等部门对于未办理关手续的建筑物进行认定，认定为合法的要给予补偿，认定违法的不予补偿；
但是也不能排除一些地方为实现拆迁速度，将一些历史原因形成的违章建筑强制拆除。
通过上述分析可以知道，依据《民法典》规定，如果买受人知道房屋是违法建筑而自愿购买的，可以认定房屋买卖合同有效。
如果是基于欺诈而签订的，买受人可以申请撤销合同。
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