民法典规定，机关与企业签订借款合同是真实意思表示，不违反法律强制性规定和公序良好的，具有法律效力。《中华人民共和国民法典》第一百四十三条【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。第六百六十七条【借款合同定义】借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。第六百六十八条【借款合同形式和内容】借款合同应当采用书面形式，但是自然人之间借款另有约定的除外。借款合同的内容一般包括借款种类、币种、用途、数额、利率、期限和还款方式等条款。
二、借款合同纠纷案起诉流程是什么
提交诉状申请立案–法院发出受理通知–法院组织双方交换证据、被告递交答辩状–开庭审理、质证、辩论–宣布判决结果–判决生效，执行。
起诉前进行财产保全，有利于维护权益，有利于执行。
1、根据法律规定，法院审查借贷案件的起诉时，应当要求原告提供书面借据；
无书面借据的，应提供必要的事实根据。
对于不具备上述条件的起诉，裁定不予受理。
2、民间借贷的债务人出走、下落不明，法院是缺席判决还是中止诉讼取决于是否“借贷关系明确”。
对于“借贷关系明确”的，法院将缺席判决；
对于借贷关系不明确，事实难以查清的，将中止诉讼。
因此，出借人要保留有借款合同、借贷凭证等“借贷关系明确”的证据材料，否则一旦借款人失踪，案件将无限期“中止诉讼”。
3、债权人起诉时债务人下落不明的借贷纠纷案件，法院受理后公告传唤债务人应诉。
公告期限届满，债务人仍不应诉，对于借贷关系明确的，经审理后可缺席判决；
对于借贷关系无法查明的，裁定中止诉讼。
此外，在审理中债务人出走，下落不明的借贷纠纷案件，对于借贷关系明确的，可以缺席判决；
对于事实难以查清的，裁定中止诉讼。
通过上述分析可以知道，机关与企业签订借款合同，符合行为人具有相应的民事行为能力；
意思表示真实；
不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的，就具有法律效力。
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