民法典对结婚证丢了如何协议离婚没有规定。当一方结婚证丢失的，可以持一方的结婚证，到婚姻登记机关办理离婚登记，但当事人应当书面声明遗失。
二、相关法律规定
《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条【协议离婚】夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零七十七条【离婚冷静期】自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。
前款规定期限届满后三十日内，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证；
未申请的，视为撤回离婚登记申请。
第一千零七十八条【离婚登记】婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚，并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，予以登记，发给离婚证。
《民政部关于贯彻落实《中华人民共和国民法典》中有关婚姻登记规定的通知》
二、调整离婚登记程序根据《民法典》第一千零七十六条、第一千零七十七条和第一千零七十八条规定，离婚登记按如下程序办理：
（一）申请。
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，共同到有管辖权的婚姻登记机关提出申请，并提供以下证件和证明材料：
1.内地婚姻登记机关或者中国驻外使(领)馆颁发的结婚证；
2.符合《婚姻登记工作规范》第二十九条至第三十五条规定的有效身份证件；
3.在婚姻登记机关现场填写的《离婚登记申请书》(附件1)。
（二）受理。
婚姻登记员按照《婚姻登记工作规范》有关规定对当事人提交的上述材料进行初审。
申请办理离婚登记的当事人有一本结婚证丢失的，当事人应当书面声明遗失，婚姻登记员可以根据另一本结婚证受理离婚登记申请；
申请办理离婚登记的当事人两本结婚证都丢失的，当事人应当书面声明结婚证遗失并提供加盖查档专用章的结婚登记档案复印件，婚姻登记员可根据当事人提供的上述材料受理离婚登记申请。
婚姻登记员对当事人提交的证件和证明材料初审无误后，发给《离婚登记申请受理回执单》(附件2)。
不符合离婚登记申请条件的，不予受理。
当事人要求出具《不予受理离婚登记申请告知书》(附件3)的，应当出具。
通过上述分析可以发现，民法典对结婚证丢了如何协议离婚没有规定。
而调整后的婚姻登记条例规定，一方结婚证丢失的，当事人应当书面声明遗失，可以凭一方结婚证办理离婚登记。
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