1、犯破坏计算机信息系统罪的，法院一般对行为人判处5年以下有期徒刑或拘役;
2、犯罪后果达到特别严重标准的，应判处5年以上有期徒刑;
3、若是单位犯破坏计算机信息系统罪的，则除了要对单位判处罚金外，同时还要对其直接责任人员判处本罪个人犯相应的刑罚。
法律依据：
《刑法》第二百八十六条
违反国家规定，对计算机信息系统功能进行删除、修改、增加、干扰，造成计算机信息系统不能正常运行，后果严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役;后果特别严重的，处五年以上有期徒刑。
违反国家规定，对计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据和应用程序进行删除、修改、增加的操作，后果严重的，依照前款的规定处罚。
故意制作、传播计算机病毒等破坏性程序，影响计算机系统正常运行，后果严重的，依照第一款的规定处罚。
单位犯前三款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照第一款的规定处罚。
二、破坏计算机信息系统“后果严重”是指哪些
1)造成10台以上计算机信息系统的主要软件或者硬件不能正常运行的;
2)对20台以上计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据进行删除、修改、增加操作的;
3)违法所得5000元以上或者造成经济损失1万元以上的;
4)造成为100台以上计算机信息系统提供域名解析、身份认证、计费等基础服务或者为1万以上用户提供服务的计算机信息系统不能正常运行累计1小时以上的;
5)造成其他严重后果的。
破坏计算机信息系统罪是采用非暴力手段，即技术手段对计算机软件进行破坏的犯罪。如采用暴力手段即物理手段对计算机硬件进行破坏的，虽然也同时破坏了计算机的信息系统，但应以故意毁坏财物罪定罪处罚。
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