分居两年申请离婚：
1、如果是协议离婚的，双方签订书面离婚协议后，到婚姻登记机关办理离婚登记；
2、如果是诉讼离婚的，直接向人民法院提起诉讼，被判决准予离婚的，判决生效，解除婚姻关系。
《民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
(一)重婚或者与他人同居。
(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员。
(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改。
(四)因感情不和分居满二年。
(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。没有分居两年的证据怎么能离婚
分居两年并不必然成为离婚的理由。法官是否判决离婚，还要结合其他情况，来综合判定夫妻之间感情是否破裂。
在实践中，空口向法院陈述分居的事实往往是无力的，夫妻分居没有第三人和其他证据证明，双方各执一词，会导致法院无法认定或不予认定双方的分居事实，便不能适用认定双方分居两年以上的事实。因此处于分居状态的当事人应该留心收集分居期间的证据，如证人证言、另寻住所的租赁合同、新住址接收的信件，都可以成为证明分居的证据。
一、分床不分房，法院难认定是分居
因为受到经济条件的限制，大多数的夫妻还只拥有一个住处，或者无力负担长期在外单独租房居住，因此夫妻感情不和后，同房不同床，各自分灶吃饭。在一方提起诉讼离婚时，如果另外一方不承认分居事实，外加夫妻同居是纯属私人事务，他人很难为此作证，因此法院一般不予采信。
二、夫妻异地居住，不一定是法律意义上的“分居”
有的夫妻因为就业、学习等的原因并不在一个地方生活，所以地理意义上的夫妻异地居住不一定是法律上说的分居，法律上的分居是以夫妻双方因为感情不和而不存在性生活的共同居住，互相不履行夫妻义务为标志。不过如果异地生活的夫妻相互间感情不和的，也可以构成法律意义上的分居，但是必须要有夫妻双方感情不和的书信等书证及其他证据来证明。
三、能证明夫妻分居的常见证据
1、一方在外居住的房屋租赁合同；
2、双方签订的夫妻分居书面协议，一定是要书面的，口头协议必须对方承认；
3、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实；
4、人证也可以，比如双方都认识的朋友或者亲戚，不过因为证人往往和为其作证的一方有利害关系及分居是夫妻“私事”，所以单独的证人证言难为法院采信，要辅佐以其他的证据。
《民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
三、分居两年就可以办理离婚吗
分居与是否可以办理离婚没有必然的联系。
1.如果双方能就离婚、子女的抚养、财产的分割等问题达成一致意见的，可以双方亲自携带身份证、户口本、结婚证和离婚协议书到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。即使双方不分居也可以离婚。
2.如果双方不能就以上问题达成一致意见的，想要离婚的一方可以去被告住所地法院起诉离婚，被告经常居住地和住所地不一致的，由经常居住地法院管辖。法院审理认为夫妻感情破裂的，会判决离婚。双方因为感情不合分居两年的，可以认定为双方感情破裂。但是分居不是唯一判断感情破裂的条件。
《民法典》第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
《民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
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