公司涉嫌刑事犯罪，如果是公诉案件的，由检察院代表国家提起公诉，如果是自诉案件，由自诉人向人民法院起诉。《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百六十九条凡需要提起公诉的案件，一律由人民检察院审查决定。第一百七十六条人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当就主刑、附加刑、是否适用缓刑等提出量刑建议，并随案移送认罪认罚具结书等材料。第二百一十条自诉案件包括下列案件：
（一）告诉才处理的案件；
（二）被害人有证据证明的轻微刑事案件；
（三）被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。
二、单位犯罪怎么认定
1、单位故意犯罪的认定标准认为首先应当查明单位是否属实。
对于虽经工商部门审批登记注册的公司，如果确有证据证实实际为特定一人出资、一人从事经营管理活动，主要利益归属该特定个人的，以刑法上的个人论。
对于单位犯罪的意志，认为应把握两个特征，一是犯罪意志的整体性。
如果单位中的一般工作人员擅自为本单位谋取非法利益，事后未得到领导认可或默许的，以个人犯罪论处；
二是非法利益归属的团体性。
2、单位分支机构等能否成为单位犯罪的主体认为不能因为单位的分支机构或内设机构、部门没有可供罚金的财产就不认定为单位犯罪。
3、几种特殊对象能否成为单位犯罪的主体
(1)个人承包企业。
个人承包企业能否成为刑法上的单位，应以发包单位在被承包企业中有无资产投入为标准。
有资产投入的能成为单位犯罪的主体，反之，则认定为个人犯罪。
(2)名为集体、实为个人的单位。
对此应认定为个人犯罪。
(3)境外公司、企业或组织。
境外公司、企业或组织能否认定为单位犯罪，关键在于有无确实的证据证明其存在的真实性和合法性。
真实、合法的，即认定为单位犯罪。
反之，认定为个人犯罪。
通过上述分析知道，依据《刑事诉讼法》的规定，公司犯罪如果是属于公诉案件，由检察院代表国家负责提起公诉，如果是自诉案件，由自诉人向人民法院提起刑事诉讼。
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