公司清算有剩余对外债权的，由清算且实现债权后，所得的款项由公司股东按出资比例分配。《中华人民共和国公司法》第一百八十六条【清算程序】清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。
二、公司清算怎样制订清算方案
(1)调查和清理公司财产。
清算组在催告债权人申报债权的同时，应当调查和清理公司的财产。
根据债权人的申请和调查清理的情况编制公司资产负债表、财产清单和债权、债务目录。
应当指出的是，清算组在编制资产负债表时，不得将公司财产价值低估。
(2)制订清算方案。
编制公司财务会计报告之后，清算组应当制订清算方案，提出收取债权和清偿债务的具体安排。
(3)提交股东会通过或者报主管机关确认。
清算方案是公司清算的总方案。
因此，股份有限公司的清算组应将清算方案提交股东大会通过。
但是，有限责任公司的清算组成员是由股东组成的，所以，无须提交股东会另行通过。
将清算方案提交有关主管机关确认的规定，适用于因违法而解散的清算公司。
(4)另外，如果公司清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单时，发现公司财产不足清偿债务的，清算组有责任立即向有管辖权的人民法院申请宣告破产。
经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交人民法院。
依据《公司法》的规定，公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配。
所以清算后有债权的，按股东出资比例分配。
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