运输车辆超限超载被扣满12分的法律后果是，安机关交通管理部门会依法扣留机动车。
《机动车驾驶证申领和使用规定》第六十八条机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。
机动车驾驶人应当在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
机动车驾驶人参加学习后，车辆管理所应当在二十日内对其进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。
考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证;
考试不合格的，继续参加学习和考试。
拒不参加学习，也不接受考试的，由公安机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。
机动车驾驶人在一个记分周期内有两次以上达到12分或者累积记分达到24分以上的，车辆管理所还应当在道路交通安全法律、法规和相关知识考试合格后十日内对其进行道路驾驶技能考试。
接受道路驾驶技能考试的，按照本人机动车驾驶证载明的最高准驾车型考试。
二、运输车辆超限超载发生车祸怎么办?
《中华人民共和国道路交通安全法》第七十条在道路上发生交通事故，车辆驾驶人应当立即停车，保护现场;
造成人身伤亡的，车辆驾驶人应当立即抢救受伤人员，并迅速报告执勤的交通警察或者公安机关交通管理部门。
因抢救受伤人员变动现场的，应当标明位置。
乘车人、过往车辆驾驶人、过往行人应当予以协助。
在道路上发生交通事故，未造成人身伤亡，当事人对事实及成因无争议的，可以即行撤离现场，恢复交通，自行协商处理损害赔偿事宜;
不即行撤离现场的，应当迅速报告执勤的交通警察或者公安机关交通管理部门。
在道路上发生交通事故，仅造成轻微财产损失，并且基本事实清楚的，当事人应当先撤离现场再进行协商处理。
第七十一条车辆发生交通事故后逃逸的，事故现场目击人员和其他知情人员应当向公安机关交通管理部门或者交通警察举报。
举报属实的，公安机关交通管理部门应当给予奖励。
第七十二条公安机关交通管理部门接到交通事故报警后，应当立即派交通警察赶赴现场，先组织抢救受伤人员，并采取措施，尽快恢复交通。
交通警察应当对交通事故现场进行勘验、检查，收集证据;
因收集证据的需要，可以扣留事故车辆，但是应当妥善保管，以备核查。
对当事人的生理、精神状况等专业性较强的检验，公安机关交通管理部门应当委托专门机构进行鉴定。
鉴定结论应当由鉴定人签名。
第七十三条公安机关交通管理部门应当根据交通事故现场勘验、检查、调查情况和有关的检验、鉴定结论，及时制作交通事故认定书，作为处理交通事故的证据。
交通事故认定书应当载明交通事故的基本事实、成因和当事人的责任，并送达当事人。
第七十四条对交通事故损害赔偿的争议，当事人可以请求公安机关交通管理部门调解，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
经公安机关交通管理部门调解，当事人未达成协议或者调解书生效后不履行的，当事人可以向人民法院提起民事诉讼。
在司法实践中，如果运输车辆超限超载的情况非常严重，公安机关交通管理部门是可以一次性扣满12分的，根据规定，如果一个计分周期内两次以上被扣满12分或者累计扣分达到24分以上，驾驶员还需要参加道路技能考试。
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