房屋被认定为违法建筑，相关部门责令自己限期拆除时，当事人对违法建筑认定不服的，可以申请行政复议或者提起行政诉讼维权。《中华人民共和国行政强制法》第四十四条对违法的建筑物、构筑物、设施等需要强制拆除的，应当由行政机关予以公告，限期当事人自行拆除。当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不拆除的，行政机关可以依法强制拆除。
二、对于违法建筑该怎么处罚
(1)违法占用集体土地或农用地进行建设，处理：
由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；
对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；
构成犯罪的，依法追究刑事责任。
(2)未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门或乡镇人民政府责令停止建设；
限期拆除或者予以没收；
罚款。
(3)对历史和原因形成的违建处理：
因为历史原因和社会原因，居民房屋存在大量未办理土地使用手续或规划手续情况，这种情况下不宜按照违章建筑处理，特别是在房屋征收和土地征收中这类矛盾尤为凸出，根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的精神和原则，应当组织规划、土地、执法等部门对于未办理关手续的建筑物进行认定，认定为合法的要给予补偿，认定违法的不予补偿；
但是也不能排除一些地方为实现拆迁速度，将一些历史原因形成的违章建筑强制拆除。
通过上述可以知道，《行政强制法》的规定，对于违法建筑，相关部门责令限期拆除时，当事人对违法建筑认定不服的，可以申请行政复议或者提起行政诉讼维护自己的合法权益。
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