劳动仲裁时，仲裁机构不承认微信聊天记录作为证据的，申请人可以提供其他的证据，或者对微信聊天记录进行鉴定，确认其证据效力。
二、相关法律规定
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第三十九条当事人提供的证据经查证属实的，仲裁庭应当将其作为认定事实的根据。
劳动者无法提供由用人单位掌握管理的与仲裁请求有关的证据，仲裁庭可以要求用人单位在指定期限内提供。
用人单位在指定期限内不提供的，应当承担不利后果。
《关于民事诉讼证据的若干规定》第三十一条当事人申请鉴定，应当在人民法院指定期间内提出，并预交鉴定费用。
逾期不提出申请或者不预交鉴定费用的，视为放弃申请。
对需要鉴定的待证事实负有举证责任的当事人，在人民法院指定期间内无正当理由不提出鉴定申请或者不预交鉴定费用，或者拒不提供相关材料，致使待证事实无法查明的，应当承担举证不能的法律后果。
第九十三条人民法院对于电子数据的真实性，应当结合下列因素综合判断：
（一）电子数据的生成、存储、传输所依赖的计算机系统的硬件、软件环境是否完整、可靠；
（二）电子数据的生成、存储、传输所依赖的计算机系统的硬件、软件环境是否处于正常运行状态，或者不处于正常运行状态时对电子数据的生成、存储、传输是否有影响；
（三）电子数据的生成、存储、传输所依赖的计算机系统的硬件、软件环境是否具备有效的防止出错的监测、核查手段；
（四）电子数据是否被完整地保存、传输、提取，保存、传输、提取的方法是否可靠；
（五）电子数据是否在正常的往来活动中形成和存储；
（六）保存、传输、提取电子数据的主体是否适当；
（七）影响电子数据完整性和可靠性的其他因素。
人民法院认为有必要的，可以通过鉴定或者勘验等方法，审查判断电子数据的真实性。
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